Дерево среднерослое с пирамидальной кроной средней густоты. Скелетные ветви отходят от ствола под острыми углами. Основной урожай формируется на кольчатках и плодовых прутиках. Побеги прямые, коричневато-бурые, опушенные. Листья средние, широкояйцевидные, длиннозаостренные, снизу опушенные, с пильчато-городчатыми, волнистыми краями. Черешки средней длины, толстые, красноватые, прилистники удлиненные.
Практически 100% саженцев сорта Алтайское Крапчатое привиты на клоновый или семенной подвой и он оказывает существенное влияние на эту яблоню. Например, "карликовый" подвой снижает высоту дерева и ускоряет вступление в плодоношение. Самый известный подвой такого типа -
62-396 - снижает максимальную высоту дерева примерно в два раза - в среднем до трех метров. Как правило, у дерева на карликовом подвое плоды крупнее, а период плодоношения начинается раньше, но оно менее долговечно и требует больше ухода.